Русская Православная Церковь (Московский Патриархат) отказалась, наряду с рядом других поместных православных церквей, участвовать в работе Всеправославного Собора на Крите.
Инициатива проведения так называемого "Всеправославного собора" изначально принадлежит Константинопольскому (так называемому "Вселенскому") Патриархату и берёт своё начало ещё в 20-х годах прошлого столетия. Особую роль в движении за проведение такого собора сыграл известный экуменист и реформатор, "Константинопольский" патриарх Мелетий (Метаксакис), официально состоявший в английской масонской ложе. С 10 мая по 8 июня 1923 года по его инициативе и под его председательством в Константинополе прошло так называемое "Всеправославное совещание" с участием представителей поместных Церквей: Греции, Кипра, Румынии и Сербии, которое приняло решение о ряде обновленческих реформ в Православной Церкви: "исправлении" календаря и пасхалии (то есть фактически — о переходе на новый, Григорианский календарь), второбрачии клириков и ряд других. На конгресс были также приглашены (без полномочий представлять Московский Патриархат) российские архиепископы Александр (Немоловский) и Анастасий (Грибановский), высказавшийся против реформ и вскоре покинувший совещание. Русская Православная Церковь в конечном итоге не признала решений этого совещания.
В наше время процесс был заново запущен в 60-е годы прошлого столетия. В течение 1960-х—1980-х гг. был проведён ряд предсоборных совещаний и заседаний межправославных подготовительных комиссий. Десятилетний перерыв в работе подготовительных комиссий был вызван осложнением в отношениях между Московским и Константинопольским патриархатами из-за разногласий по вопросу церковного устройства в Эстонии (отношения между двумя патриархатами были окончательно возобновлены в полном формате в 2009 г.).
Состоявшаяся в октябре 2008 г. в Стамбуле встреча предстоятелей и представителей Поместных Православных Церквей привела к возобновлению работы по практической подготовке собора.
В конце мая 2010 года Патриарх Варфоломей, находясь с визитом в России, сообщил, что совместно с Патриархом Московским Кириллом они приняли решение "ускорить процесс созыва Святого Великого Собора Православной Церкви".
После ряда последующих важных собраний и совещаний по вопросам тематики и различных организационных аспектов проведения Собора было собрано Предсоборное совещание глав Поместных Православных Церквей 21-27 января 2016 года.
Согласно сообщению по итогам совещания, официально утверждённые для вынесения на "Всеправославный собор" темы таковы: Миссия Православной Церкви в современном мире; Православная диаспора; Автономия и способ её провозглашения; Таинство брака и препятствия к нему; Значение поста и соблюдение его сегодня; Отношения Православной Церкви с остальным христианским миром.
Сразу после обнародования проектов документов, подготовленных для принятия на соборе, начались массовые протесты против них, охватившие практически весь православный мир.
Против участия в соборе высказался ряд авторитетных греческих иерархов; серьёзные протесты начались также среди насельников Святой Горы Афон, традиционно считающейся главным духовным центром мирового Православия. В Молдавии, на Украине и даже в Российской Федерации началось движение "непоминающих" Патриарха Кирилла, считающих проекты решений "Всеправославного собора", одобренные с его подачи Архиерейским собором РПЦ 2-3 марта 2016 года, несоответствующими православному вероучению. Был проведён ряд богословских, научно-практических конференций, на которых была высказана серьёзная критика в адрес этих документов и экуменической политики руководства РПЦ. Сразу после завершения визита патриарха Кирилла и президента В.В. Путина на Афон было выпущено Обращение 20-ти монастырей Святой Горы с аргументированным осуждением проектов документов "Всеправославного собора".
3 июня Канцелярия Священного Синода Болгарской Православной Церкви подтвердила, что Болгарская Церковь не примет участия во "Всеправославном Соборе". Указанное синодальное решение было принято единогласно, его официально подписали Патриарх Болгарский Неофит и митрополиты — члены Священного Синода Болгарской Православной Церкви.
6 июня 2016 года состоялось чрезвычайное заседание Священного Синода Вселенского Патриархата с участием всех пребывающих в Константинополе епископов, на котором был рассмотрен ход подготовки Всеправославного Собора. Священный Синод отказался обсуждать предложения Поместных Православных Церквей и констатировал, что пересмотр уже запланированного соборного процесса выходит за пределы всех институциональных рамок.
9 июня 2016 года Сербская Православная Церковь предложила отложить проведение Всеправославного Собора до решения проблемных вопросов. 10 июня 2016 года Грузинская Православная Церковь отказалась от участия в собрании на о. Крит, мотивировав отказ содержащимися догматическими, каноническими и терминологическими ошибками в предлагаемом Константинополем тексте решения.
Патриарх Кирилл на заседании Синода РПЦ 3 июня 2016 года предложил созвать не позднее 10 июня чрезвычайное Предсоборное совещание, что не было принято Константинопольским Патриархатом. В итоге 13 июня 2016 года на внеочередном заседании священного Синода РПЦ было принято решение о неучастии Русской Православной Церкви во "Всеправославном соборе".
